Насколько я понимаю у вас мак? простейший путь найти my.ini и изменить строчку port=3306 на другой номер порта. для XAMPP не меняйте, хотя он вроде сам на какой то альтернативный садится.

Кстати почему не поставите какой нибудь ubuntu в виртуальную машину и не проводите там эксперименты?

Насколько я понимаю, у вас мак?
Семёрка. Домашняя базовая Переустанавливать не тянет.

my.ini и изменить строчку port=3306
Пробовала, прав ему,то есть мне, видите ли, не хватает.
А вот в КСАММПе пыталась. Всё равно лезет в 3306 и выдаёт ошибку.

Кстати почему не поставите какой нибудь ubuntu в виртуальную машину и не проводите там эксперименты?
Банальная лень. Точнее, последствия попытки установить виртуалку. Последствия для психики.

Укажите ОС, пожалуйста, и будем плясать от этого. Хотя, кое-что можно предложить и общего порядка.
Главный вопрос - какого хрена занят порт?
Ответ - xampp поставил свой персональный MySQL Server версии 5.6 "с картами и девочками", который и занимает порт, прописанный установленному до этого серваку.

Опуская все нецензурное, что я думаю об этой ситуации, советов остается 3:
1. Сносите 5.5 и пробуйте коннектить Воркбенч к 5.6. По идее он должен нормально работать с ним и так (вообще, откуда у вас неполадки с воркбенчем, который у меня лично с первого раза коннектится к локалу на любой системе, это отдельная тема для разбора).
2. Если не пройдет (вероятно, потому, что при сносе 5.5 задело что-то и в ксамппе), сносите и переустанавливайте еще и XAMPP (хотя я бы предложил поставить отдельно апач, отдельно мускул и отдельно пхп, но это если у вас не винда). Потом пробуйте коннектить воркбенч к ксамповскому серверу.
3. Если не прокатит п.2 попробуйте вычистить снова все и переустановить XAMPP и воркбенч.

И да, перед сносом БД не забывайте делать mysqldump.

upd.
Нда... прогерство на винде вообще штука печальная. Если есть желание и время поставить TeamViewer и пустить меня к себе в комп, могу помочь с виртуалкой и настройкой всего на ней. За этим в умыл.

самое забавное для поиграться можно поставить www.denwer.ru/
Helwyr Gwyrdd Dolydd, сборок не знаю, поэтому и предположил. А в общем случае сносите все и ставьте с нуля.

Проверки по портам Win+R введите cmd, в окне наберите netstat - nao так вы вычислите процесс который занимает 3306 порт
после смотрите путь до файла через "windows task manager"
И удаляете его из программ

Masque, Это вы зря. гнушные программы работают везде

fire-dragon, что зря? Что работать с консольным софтом (а я напомню, что веб-сервер и сервер БД это консольный, а не интерфейсный софт по дефолту) удобнее, когда есть нормальная консоль?
GNUшные программы гораздо лучше работают на unix-подобных системах, чем в винде. Просто потому, что им там удобнее и привычнее. Виндовые аналоги обернуты костылями и допилами, я сам по долгу службы пару раз сталкивался с портированием. Причем, в обратную сторону беда та же - без костылей вроде вайна обойтись удается редко.

Masque, Я сталкивался с апачем, мускл и постгрее. И там и там работают примерно одинаково. Был правда один клиент который хотел в php на freebsd устроить отправку через smtp. Но особый мой любимец это протокол SMB в его юниксовой интерпретации.
Кстати если не секрет чем занимаетесь?

fire-dragon, сейчас, собственно, веб-разработкой (ROR в основном) и администрированием серверного ПО.
Приходилось работать с портированием, скажем, ImageMagick и redis на винду. Вот там веселье... Апач-то давно портирован и, вроде, без заметных фейлов. Вот тот же Nginx портирован намного хуже и теряет некоторую часть функционала (в частности адски урезаются возможности кэширования). В общем, много есть чудес в мире винды.

Masque, Приятно познакомится. Я с другой стороны силы, тоже бывает на вашу полянку залазим. В основном на .NET завязан