В вашем "оригинале" было, скорее всего, две звуковые дорожки.
Если оригинальный файл открыть в любом нормальном плеере (не стандартный Windows Media Player, а какой-нибудь Media Player Classic или другой Light Alloy) и потыкать в настройки - вы сможете выбрать как русскую, так и английскую дорожку.
Соответственно, при конвертации для iPad, вероятно, тоже можно выбрать, какую дорожку оставлять. Если нельзя или не найдёте - можно попробовать вначале сконвертировать файл любым другим конвертером, который увидит эту вторую дорожку и сможет сделать её единственной, а потом уже заливать в iPad.